Rahxephon N.2

Ayato ya lleva dos semanas en la isla de Nirai Kanai y ya ha aceptado ser piloto del Rahxephon, aunque sigue inquieto por las muchas pruebas a las que someten a Reika. De repente aparece una antigua novia suya que alerta no tan sólo a Reika, sino a otros miembros de Terra que sospechan de ella.